CVS solamente lleva el historial de ficheros individuales, pero Subversion implementa un sistema de ficheros versionado “virtual ” que sigue los cambios sobre árboles de directorios completos a través del tiempo. Ambos, ficheros y directorios, se encuentran bajo el control de versiones.

Dado que CVS está limitado al versionado de ficheros, operaciones como copiar y renombrar—las cuales pueden ocurrir sobre ficheros, pero que realmente son cambios al contenido del directorio en el que se encuentran—no son soportadas por CVS. Adicionalmente, en CVS no puede reemplazar un fichero versionado con algo nuevo que lleve el mismo nombre sin que el nuevo elemento herede el historial del fichero antiguo—que quizás sea completamente distinto al anterior. Con Subversion, usted puede añadir, borrar, copiar, y renombrar ficheros y directorios. Y cada fichero nuevo añadido comienza con un historial nuevo, limpio y completamente suyo.

Una colección cualquiera de modificaciones o bien entra por completo al repositorio, o bien no lo hace en absoluto. Ésto permite a los desarrolladores construir y enviar los cambios como fragmentos lógicos e impide que ocurran problemas cuando sólo una parte de los cambios enviados lo hace con éxito.

Cada fichero y directorio tiene un conjunto de propiedades —claves y sus valores —asociado a él. Usted puede crear y almacenar cualquier par arbitrario de clave/valor que desee. Las propiedades son versionadas a través del tiempo, al igual que el contenido de los ficheros.

Subversion tiene una noción abstracta del acceso al repositorio, facilitando a las personas implementar nuevos mecanismos de red. Subversion puede conectarse al servidor HTTP Apache como un módulo de extensión. Ésto proporciona a Subversion una gran ventaja en estabilidad e interoperabilidad, y acceso instantáneo a las características existentes que ofrece este servidor—autenticación, autorización, compresión de la conexión, etcétera. También tiene disponible un servidor de Subversion independiente, y más ligero. Este servidor habla un protocolo propio, el cual puede ser encaminado fácilmente a través de un túnel SSH.

Subversion expresa las diferencias del fichero usando un algoritmo de diferenciación binario, que funciona idénticamente con ficheros de texto (legibles para humanos) y ficheros binarios (ilegibles para humanos). Ambos tipos de ficheros son almacenados igualmente comprimidos en el repositorio, y las diferencias son transmitidas en ambas direcciones a través de la red.

El coste de ramificación y etiquetado no necesita ser proporcional al tamaño del proyecto. Subversion crea ramas y etiquetas simplemente copiando el proyecto, usando un mecanismo similar al enlace duro. De este modo estas operaciones toman solamente una cantidad de tiempo pequeña y constante.

Subversion no tiene un equipaje histórico; está implementado como una colección de bibliotecas compartidas en C con APIs bien definidas. Ésto hace a Subversion extremadamente fácil de mantener y reutilizable por otras aplicaciones y lenguajes.